中国科学院上海巴斯德研究所研究部门据2018年8月上海巴斯德所官网显示，上海巴斯德所设有病原科学研究中心、免疫学研究中心和疫苗学研究中心，共25个研究单元，建有中国科学院分子病毒与免疫重点实验室
研究单元炎性反应与免疫病理研究组免疫信号传导与调节研究组分子病毒学研究组抗感染免疫与疫苗研究组抗病毒免疫与遗传治疗研究组呼吸道感染病理研究组新兴细菌性病原体研究组天然防御和免疫调控研究组肿瘤病毒研究组疱疹病毒分子生物学研究组病毒性肝炎研究组病毒疾病与疫苗转化研究组免疫调节研究组人体寄生虫分子和细胞生物学研究组虫媒病毒研究组病毒与淋巴瘤研究组疫苗学与抗病毒策略研究组病毒组装与宿主研究组分子免疫学研究组病原真菌感染及宿主免疫研究组造血干细胞与转基因动物研究组免疫细胞分化与分子调节组病毒免疫学研究组病原微生物致病机制的结构生物学研究组天然免疫学研究组-------------
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