中国科学院上海巴斯德研究所研究成果科技项目2015年，上海巴斯德所获得科技部973项目1项、重大重点项目9项，并获得美国NIH项目2项

 2006-2016年，上海巴斯德所共申请基金项目314项，获资助122项，平均资助率为39%

资助项目共涉及8个项目类别，其中面上项目63项，青年科学基金项目32项，重点项目4项，重大研究计划项目3项，国际（地区）合作与交流项目15项，国家杰出青年科学基金项目2项，专项基金项目2项，海外及港澳学者合作研究基金项目1项，联合基金项目1项

获得基金委经费支持8345万元，获科技部留所使用经费支持2740万元，国家科技重大专项经费5325万元，其中包含研究所主持的两项“十一五传染病重大专项”的经费

 2006-2016上海巴斯德所申请和资助项目的整体情况年度申请项目数资助项目数资助率资助经费（万元）200633100%8720076233%4520087229%75200912758%233201017424%1532011331648%7322012552342%19362013482348%16772014481429%10512015421638%15872016441227%769合计31412239%8345 论文发表2006-2016年，在上海巴斯德所申请获得的基金资助项目中，以上海巴斯德所为第一作者或通讯作者单位发表的SCI论文共计265篇

SCI论文从2006年1篇到2016年61篇，10年增长了61倍，年均增长89.62%

其中发表在大类1区的论文17篇、2区的论文123篇，前两区的论文数占总发表论文的52.8%；其中Top期刊论文73篇，占总SCI论文的36. 5%

 科技成果转移截至2017年底，上海巴斯德所的诺如病毒疫苗、多价手足口病重组疫苗和抗体、新型广谱流感疫苗和治疗性抗体、丙肝病毒广谱中和抗体、抗恶性疟疾新药、ZIKA病毒重组疫苗等一批生物制品技术与产品，实现市场转化和技术许可费用近3亿元

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