中国科学院沈阳应用生态研究所历史沿革1953年，中国科学院在哈尔滨成立了林业研究所筹备处,以合理开发利用东北地区的森林资源，维护地区生态平衡

1954年10月，为适应东北地区经济建设的需要，由中国科学院林业研究所筹备处、东北土壤研究所筹备处和长春综合研究所农产化学研究室微生物部分合并成立了中国科学院林业土壤研究所

1962年7月，中共中科院党组扩大会议决定，林土所下放归东北分院领导，人员编制及经费等纳入分院计划，由中科院分配指标

1970年7月15日，林土所下放辽宁省，暂由省科技局领导

当时的辽宁革命委员会副主任毛远新提出按照朝阳农学院搬出城市，插队落户搞科研的模式改造林土所

为避免重蹈朝阳农学院的覆辙，在斗批改中根据当时省科技局意见，在上报给省革委会报告中提出把林土所办成以微生物学为重点的应用生物研究所

1971年4月8日，林土所归属省农业局领导，后改名为辽宁省林业土壤研究所

 1978年3月1日，辽宁省林业土壤研究所改由中国科学院和辽宁省双重领导

1987年10月27日，研究更名为“中国科学院沈阳应用生态研究所”

1998年，中国科学院沈阳应用生态研究所步入中国科学院基地型研究所行列

2001年7月2日，中国科学院沈阳应用生态研究所被正式批准为国家知识创新工程试点单位

 2010年，沈阳生态所根据中国科学院“创新2020”总体部署，制定了研究所“一三五”规划

2015年，按照中国科学院“率先行动”计划的要求和研究所分类改革的统一部署，沈阳生态所成功入选中国科学院“特色研究所”首批试点研究所，进入新的历史发展时期

 2018年10月，被评为全国中小学生研学实践教育基地

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