中国科学院南京土壤研究所设备资源设施设备据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所土壤与环境分析测试中心是国家质量技术监督局认定的国家计量认证合格单位，拥有同位素质谱仪、扫描电子显微镜、等离子光谱仪、有机质谱仪等各类大型仪器设备近50台
馆藏资源图书馆据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所图书馆是联合国粮农组织的特约图书馆，藏有中外文书籍和期刊25万册
标本馆据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所土壤标本馆保存和陈列有中国不同类型及部分其他国家的近6万号土壤标本
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