中国科学院南京土壤研究所科研部门据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所共有国家重点实验室1个、中国科学院重点实验室1个、国家工程实验室1个、农业部重点实验室1个、所级研究单元7个以及中国科学院生态系统研究网络土壤分中心、河南封丘农田生态系统国家野外科学观测研究站、江西鹰潭农田生态系统国家野外科学观测研究站、江苏常熟农田生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院三峡工程生态环境湖北秭归实验站
国家重点实验室（1个）：土壤与农业可持续发展国家重点实验室 中国科学院重点实验室（1个）：中国科学院土壤环境与污染修复重点实验室 国家工程实验室（1个）：土壤养分管理国家工程实验室 农业部重点实验室（1个）：农业部耕地保育综合性重点实验室 所级研究单元（7个）：土壤资源与遥感应用研究室、土壤－植物营养与肥料研究室、土壤化学与环境保护研究室、土壤物理与盐渍土研究室、土壤生物与生化研究室、土壤与环境生物修复研究中心、土壤利用与环境变化研究中心
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