中国科学院南京土壤研究所学术期刊据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所主办有《PEDOSPHERE》（土壤圈）、《土壤学报》、《土壤》等3份学术期刊
《PEDOSPHERE（土壤圈）》《PEDOSPHERE（土壤圈）》创刊于1991年2月，由中国科学院主管，中国土壤学会、中科院南京土壤研究所和土壤与农业可持续发展国家重点实验室共同主办，是中国出版的土壤学科唯一外文版国际性学术期刊，也是中国土壤学领域唯一的SCI源刊、中国自然科学核心期刊和“中国期刊方阵”期刊，主要刊登土壤学领域未曾公开发表的具有坚实科学理论和实验基础与创新的最新高水平科研成果，内容包括土壤化学、土壤物理学、土壤生物与生物化学、土壤肥力与植物营养等与生物圈、岩石圈、水圈和大气圈密切关联的土壤科学理论、实验技术及应用的学术研究论文、专题综述、研究简报等
《PEDOSPHERE》已被俄罗斯《文摘杂志》、日本《科学技术文献速报》、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国科技期刊精品数据库、中国科技期刊引证报告、中国科技论文统计与引文分析数据库、中国科学引文数据库、中国学术期刊文摘（英文版）、中国学术期刊综合评价数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国知网、万方数据系统科技期刊群、中国学术期刊（光盘版）、中文科技期刊数据库、中国期刊网等重要的相关检索和文摘数据库收录为来源期刊
《土壤学报》《土壤学报》的前身是《中国土壤学会会志》，于1948年12月创刊，1952年更名为《土壤学报》，是由中国土壤学会主办、中国科学院南京土壤研究所承办的中文核心科技学术期刊（双月刊）
该刊为《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科技文献数据库》、《中国科学引文数据库》等的来源期刊和《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《万方数据系统科技期刊群》的收录期刊，被美国出版的CA、CAB文摘收录
《土壤》《土壤》是介绍土壤、肥料、土壤生态及环境保护等方面的研究论文和调查报告为主的通报类期刊，公开发行，创刊于1958年10月，是中国自然科学核心期刊，被《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录，被认定为《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》来源期刊
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