中国农业科学院草原研究所科研部门根据2017年4月该所官网显示，中国农业科学院草原研究所设有5个研究室，1个研究中心，1个农业部重点实验室，5个中国农业科学院野外科学观测（试验）站，3个农业部野外科学观测（试验）站，1个农业部安监与检测中心

此外，草原所还拥有国家牧草种质资源中期保存库、国家多年生牧草圃、国家牧草改良中心和国家旱生牧草种子繁育基地等4个科研创新部门

  研究室：牧草资源与育种研究室、草地生态与监测研究室、草地生产与管理研究室、草地工程机械研究室、草地综合发展研究室 研究中心：中国农业科学院欧亚温带草原研究中心 农业部重点实验室：农业部牧草资源与利用重点实验室 中国农业科学院野外科学观测（试验）站：中国农业科学院鄂尔多斯沙地草原生态环境重点野外科学观测试验站、中国农业科学院沙尔沁牧草资源重点野外科学观测试验站、中国农业科学院玉树高寒草原资源与生态重点野外科学观测试验站、中国农业科学院太仆寺旗草地资源生态监测与评价野外科学观测试验站、中国农业科学院苏尼特温带荒漠草原资源与生态环境野外科学观测试验站 农业部野外科学观测（试验）站：农业部鄂尔多斯沙地草原生态环境重点野外科学观测试验站、农业部沙尔沁牧草资源重点野外科学观测试验站、农业部玉树高寒草原资源与生态重点野外科学观测试验站 农业部安监与检测中心：农业部草产业产品质量安全监督与检测中心 

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