中国农业科学院果树研究所研究成果截至2008年10月，研究所共承担国家、部（省）、市和中国农业科学院各级科研课题380余项
作为主持单位取得科研成果148项，其中99项成果获得各级奖励
先后获得全国科学大会奖1项、国家科学技术进步奖9项、国家自然科学奖1项、农业部科学技术进步奖13项、农业部科技成果技术改进奖29项、中国农业科学院科学技术成果奖7项一系列成果
据2017年11月研究所官网显示，研究所建所以来，承担了国家及部省级科研课题400余项，取得重大科研成果150余项，为我国果树科技创新、果树产业发展与服务“三农”做出了重要贡献
截至2017年6月，育成果树新品种 32 个，作为主持单位获奖 173 项，其中国家奖 7 项、省部级奖 82 项
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