中国农业科学院农产品加工研究所学科建设据研究所官网显示，截至2021年11月，研究所有以下博士、硕士专业：博士专业包括：农产品质量与食物安全，农产品加工利用，生物化学与分子生物学
硕士专业包括：食品科学，粮食、油脂及植物蛋白工程，农产品加工及贮藏工程，生物与医药（食品工程方向，专业学位），食品加工与安全（专业学位），生物化学与分子生物学，农业管理（专业学位），农业经济管理
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