中国农业科学院生物技术研究所国内合作据2017年5月研究所官网显示，研究所作为农业部农业基因组学学科群建设的牵头单位，强化学科群内的3家综合性重点实验室，15家专业性重点实验室间在规模化基因挖掘与鉴定平台、种质创新与鉴定平台、生物信息数据库的优化与共享；与北京农业生物技术研究中心共建“农业基因资源与生物技术北京市重点实验室”，加强农业基因资源的共享与生物育种互作；在西南大学建立“中国农业科学院生物技术研究所西南研究中心”；与新疆农业科学院微生物研究所、核技术生物技术研究所、黑龙江农科院生物技术研究所签署合作协议；成立农业生物技术产业技术创新战略联盟、棉花产业技术创新战略联盟，筹建全国三系抗虫棉育种平台等工作
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