中国疾病预防控制中心科研部门根据2020年7月官网显示，中国疾病预防控制中心有下属科研部门11个，有国家重点实验室1个，国家卫生计生委重点实验室3个，中心重点实验室3个

  世界卫生组织参比实验室（5个）：WHO流感参比和研究合作中心、WHO西太区麻疹风疹参比实验室、WHO西太区脊灰参比实验室、WHO西太区乙脑参比实验室、WHO西太区轮状病毒参比实验室国家研究中心（2个）：国家朊病毒检测中心、中国微生物菌毒种/医学病毒保藏管理中心国家级重点实验室（1个）：传染病预防控制国家重点实验室省、部级工程研究中心（1个）：卫生部微生物基因组研究中心省、部级重点实验室（3个）：卫生部微量元素与营养重点实验室、卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、卫生部医学病毒和病毒病重点实验室中心级重点实验室（3个）：中国疾病预防控制中心化学污染物与健康安全重点实验室、中国疾病预防控制中心辐射防护与核应急重点实验室、中国疾病预防控制中心传染病监测预警重点实验室 下属科研部门（11个）：传染病预防控制所、病毒病预防控制所、寄生虫病预防控制所、性病艾滋病预防控制中心、慢性非传染性疾病预防控制中心、营养与健康所、环境与健康相关产品安全所、职业卫生与中毒控制所、辐射防护与核安全医学所、农村改水技术指导中心、妇幼保健中心 

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