中国科学院科技战略咨询研究院组建成立2013年7月，习近平总书记视察中国科学院，明确提出要“率先建成国家高水平科技智库”
2015年5月，中国科学院组建非法人实体中国科学院科技战略咨询研究院，挂靠中国科学院科技政策与管理科学研究所，统筹协调中科院科研院所、学部、教育机构相关研究资源、队伍和平台，探索建立持续开展战略研究的机制；11月，中国科学院被确定为党中央、国务院、中央军委直属的首批10家第一类高端智库建设试点单位之一，并明确试点的重点任务是建设战略咨询院；12月，中国科学院党组决定，以中国科学院科技政策与管理科学研究所更名的方式组建事业法人机构战略咨询院
2016年1月，战略咨询院正式组建，通过整合中科院文献情报中心、地理科学与资源研究所等单位的相关研究力量，推进深化改革工作；10月，中央编办批准中国科学院科技政策与管理科学研究所正式更名为中国科学院科技战略咨询研究院
2020年5月13日，作为第一批倡议方，与国家发展改革委等部门发起“数字化转型伙伴行动”倡议
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