中国社会科学院历史研究所研究部门据2018年4月研究所官网显示，研究所下设6个断代史研究室，6个专门史研究室，有5个非实体的研究中心依托在相关学科的研究室，有6个全国性的学术团体挂靠在历史研究所
断代史研究室：先秦史研究室、战国秦汉史研究室、魏晋南北朝隋唐史研究室、宋辽金元史研究室、明史研究室、清史研究室专门史研究室：马克思主义史学理论与史学史研究室、思想史研究室、历史地理研究室、中外关系史研究室、文化史研究室、社会史研究室
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