中国科学院南京地质古生物研究所设备资源设施设备据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共有同位素质谱仪、气相色谱质谱仪、场发射扫描电镜、能谱仪、透射电镜、软X射线透射仪等十几台（套）大型仪器实验设备，实现中科院大型仪器网络共享
主要大型仪器设备有LEO1530VP扫描电子显微镜、X-射线能谱仪（EDS）、JEM-1230透射电子显微镜、VIX-M150软X射线透射仪、ABI Prism 310型全自动DNA遗传分析仪、TSQ Quantum GC气相色谱三重四极质谱仪、Thermo－Fisher MAT 253同位素质谱仪
馆藏资源据2015年12月研究所图书馆官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所图书馆共有外文现刊370余种（包括交换和赠阅），中文现刊近150种；馆藏国内外地层及古生物学科的书刊约26万册（期），其中期刊2500余种、20余万册（期）
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