中国科学院昆明植物研究所科研部门截至2015年5月，该所研究系统设置“三室一库”，即1个国家重点实验室、1个中国科学院重点实验室、1个所级重点实验设施、1个种质资源库；此外，还有1个植物园、2个联合共建中心
国家重点实验室：植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室中国科学院重点实验室：中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室所级重点实验室：资源植物与生物技术重点实验室 种质资源库：中国西南野生生物种质资源库 植物园：昆明植物园 共建中心：山地生态系统研究中心（世界农用林业中心）、海盐工程技术中心（浙江省海盐县）
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