中国科学院昆明植物研究所学术期刊截至2015年5月，该所主办3个学术期刊，《植物分类与资源学报》为中文核心期刊，入选2012年度 “中国最具国际影响力学术期刊”；《Natural Products & Bioprospecting》（应用天然产物）于2011年8月创刊，2013年起被CA和PubMed收录；是由中国科学院昆明植物研究所与德国Springer出版集团联合主办的开放获取（open access）双月学术期刊，报道天然产物化学和相关生物学领域的前沿和热点，文章类型有研究论文、综述、新闻评论等，报道学科领域包括天然产物分离鉴定、天然产物合成、生物活性天然产物的生物学评价、生物有机和药物化学、生物合成和微生物转化、发酵和植物组织培养以及天然产物化学生态学等《Fungal Diversity》（真菌多样性）为SCI收录期刊，2014年度影响因子达到6.938，在全球菌物学领域期刊排名第2
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