中国科学院新疆生态与地理研究所学科建设根据2015年12月研究所官网显示，研究所是1983年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一
研究所设有3个一级学科博士研究生培养点，有6个二级学科博士研究生培养点，有11个一级（或二级）学科硕士研究生培养点，并设有3个一级学科博士后流动站
一级学科博士后流动站：地理学、生物学、生态学 一级学科博士研究生培养点：地理学、生态学、地质资源与地质工程 二级学科博士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、植物学、生态学、地球探测与信息技术 一级学科硕士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、植物学、生态学、环境科学、水土保持与荒漠化防治、地球探测与信息技术 二级学科硕士研究生培养点：环境工程、测绘工程、生物工程
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