中国科学院长春光学精密机械与物理研究所科研部门据2015年12月研究所官网显示，研究所有国家重点实验室3个、国家重点工程中心2个，中科院重点实验室2个
此外，该所还设有空间光学研究一部、空间光学研究二部、空间光学研究三部、航空成像与测量技术研究部、光电对抗研究部、光电测控研究部、图像处理技术研究部、光学技术研究中心、无人飞行器研究部、光电探测技术研究部、光栅技术研究中心、光电技术研发中心、星载一体化技术研究室、空间机器人中心、超精密光学工程研究中心、三维成像与虚拟现实技术研究室等科研部门
国家重点实验室：应用光学国家重点实验室、发光学及应用国家重点实验室 、激光与物质相互作用国家重点实验室 国家工程技术研究中心：国家光栅制造与应用工程技术研究中心 、小卫星技术国家地方联合工程研究中心 中科院重点实验室：光学系统先进制造技术重点实验室 、航空光学成像与测量重点实验室
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