中国科学院广州地球化学研究所科研部门截至2009年7月,广州地化所共有2个国家重点实验室,2个中国科学院重点实验室,2个广东省重点实验室,以及国家大型科学仪器中心—广州质谱中心、与香港大学地球科学系联合建立的“化学地球动力学联合实验室”、与兰卡斯特大学环境中心和城市环境所联合组建的“国际环境研究与创新中心”、2007年中国科学院批准建立中国科学院珠江三角洲环境污染与控制研究中心、可持续发展研究中心,并建有“地学与资源科普教育基地”
国家重点实验室(2个):有机地球化学国家重点实验室、同位素地球化学国家重点实验室 中国科学院重点实验室(2个):边缘海地质重点实验室、矿物学与成矿学重点实验室 广东省重点实验室(2个):资源环境利用与保护重点实验室、矿物物理与矿物材料研究开发重点实验室
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