中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所研究部门据2018年7月植物生理生态研究所官网显示，研究所拥有1个国家重点实验室、1个国家研究中心、2个中国科学院重点实验室、科技部“创新人才推进计划”重点领域创新团队1支、中科院—国家外专局创新国际团队1支，建有光合作用环境生物学实验室
国家重点实验室：植物分子遗传国家重点实验室国家研究中心：国家植物基因研究中心（上海）中国科学院重点实验室：中国科学院合成生物学重点实验室、中国科学院昆虫发育与进化生物学重点实验室中国科学院研究中心：中国科学院国家基因研究中心
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