中国科学院东北地理与农业生态研究所科研部门据2015年10月研究所官网显示，中国科学院东北地理与农业生态研究所共有4个研究中心，6个省部级重点实验室（3个中国科学院重点实验室，省级重点实验室3个），5个野外台站
研究中心：湿地生态与环境、区域农业、遥感与地理信息、东北区域发展；中国科学院重点实验室：中国科学院湿地生态与环境重点实验室、中国科学院黑土区农业生态重点实验室、中国科学院大豆分子设计育种重点实验室省级重点实验室：吉林省碱地生态经济工程实验室、吉林省生态恢复与生态系统管理重点实验室（联合共建）、黑龙江省黑土生态重点实验室；野外台站：黑龙江三江平原沼泽湿地生态系统国家野外科学观测研究站及东北湿地观测研究网络、黑龙江海伦农业生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院长春净月潭遥感实验站、大安碱地生态试验站、长岭草地农牧生态实验站
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