中国工程物理研究院科研部门截至2012年4月，研究院拥有12个研究所，2个新型科研中心，100余个科研室和30多个生产车间，有7个国防科技重点实验室

研究院建有科技与信息中心、西南计算中心、成都科学技术发展中心、计量测试中心、环保工程研究中心等

国防科技重点实验室：冲击波物理与爆轰物理国防科技重点实验室、高功率微波技术国防科技重点实验室、等离子体物理国防重点实验室等国家级工程技术研究中心：国家核技术工业应用工程技术研究中心、国家城市污水处理及资源化工程技术研究中心、国家烟气脱硫工程技术研究中心 国家首批技术转移示范机构、国家高新技术创业服务中心：中国工程物理研究院技术转移中心 中国工程物理研究院重点实验室：中子物理学重点实验室 、高能激光重点实验室、复杂电磁环境科学与技术重点实验室等中国工程物理研究新型科研中心：北京高压科学研究中心、北京计算科学研究中心中国工程物理研究院研究所中国工程物理研究院流体物理研究所中国工程物理研究院核物理与化学研究所中国工程物理研究院化工材料研究所中国工程物理研究院总体工程研究所中国工程物理研究院电子工程研究所中国工程物理研究院机械制造工艺研究所中国工程物理研究院材料研究所中国工程物理研究院激光聚变研究中心中国工程物理研究院北京应用物理与计算数学研究所中国工程物理研究院应用电子研究所中国工程物理研究院计算机应用研究所中国工程物理研究院上海激光等离子体研究所

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