中国工程物理研究院学科建设截至2016年9月，研究院开设4个博士后科研流动站、5个一级学科博士点、17个二级学科博士点、25个二级学科硕士点
博士后科研流动站：数学、物理学、力学、核科学与技术一级学科博士点：数学、物理学、力学、光学工程、核科学与技术二级学科博士点：基础数学、计算数学、应用数学、理论物理、粒子物理与原子核物理、等离子体物理、凝聚态物理、光学、无线电物理、流体力学、工程力学、光学工程、核能科学与工程、核燃料循环与材料、核技术及应用、辐射防护与环境保护、脉冲功率技术及其应用二级学科硕士点：基础数学、计算数学、应用数学、理论物理、粒子物理与原子核物理、等离子体物理、凝聚态物理、光学、无线电物理、流体力学、计算机软件与理论、固体力学、工程力学、机械制造及其自动化、光学工程、物理电子学、通信与信息系统、计算机应用技术、应用化学、武器系统与运用工程、核能科学与工程、核燃料循环与材料、核技术及应用、辐射防护与环境保护、脉冲功率技术及其应用
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