美国国立卫生研究院组织机构截止到2006年12月1日，NIH共拥有27个研究所及研究中心和1个院长办公室(office of the director OD)，其中有24个研究所及研究中心直接接受美国国会拨款，用于资助研究项目；另外3个机构是：
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