中国水利水电科学研究院科研部门据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院设有5个院属企业、41个挂靠单位（其中国内专业委员会24个、期刊杂志部11个）、13个非营利科研机构、1个国家重点实验室、2个水利部重点实验室、4个国家级研究中心、7个水利部研究中心/应用中心/收藏馆

 院属企业：北京中水科工程总公司、北京爱德服务总公司、北京中水科水电科技开发有限公司、北京中水科海利工程技术有限公司、天津水利电力机电研究所、北京中水润科认证有限责任公司挂靠单位：国际泥沙研究培训中心、中国大坝工程学会秘书处、中国灌溉排水国家委员会秘书处、世界泥沙研究学会秘书处、中国水利工程研究协会秘书处、全球水伙伴中国委员会秘书处非营利科研机构：水资源研究所、防洪抗旱减灾研究所、水环境研究所、水利研究所、工程抗震研究中心、岩土工程研究所、结构材料研究所、泥沙研究所、水力学研究所、遥感技术应用开发中心、牧区水利科学研究所（京外）、水利史研究所、水电可持续发展研究中心国家重点实验室：流域水循环模拟与调控国家重点实验室水利部重点实验室：水利部水沙科学与江河治理重点实验室、水利部水工程建设与安全重点实验室国家级研究中心：国家能源水能高效利用与大坝安全技术研发中心、国家节水灌溉北京工程技术研究中心、国家农业灌排设备质量监督检验中心、国家水电可持续发展研究中心水利部研究中心/应用中心/收藏馆：水利部防洪抗旱减灾工程技术中心、水利部水资源与水生态工程技术研究中心、水利部水土保持生态工程技术研究中心、水利部草地水土保持生态研究中心、水利部水环境监测评价研究中心、水利部遥感技术应用中心、水利部江河水利志收藏馆

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