中国水利水电科学研究院学科建设20世纪50年代起，研究院就开始研究生的培养，是国务院学位办首批授予的“水利工程”一级学科培养单位
据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院设有2个一级学科博士后流动站、8个二级学科博士和硕士学位授予专业
博士后流动站：水利工程、土木工程二级学科博士、硕士点：岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水环境学、水信息学、水灾害与水安全
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