中国水稻研究所科研部门根据2016年9月研究所官网显示，中国水稻研究所下设“四个中心、一个实验室”，其中有国家级改良中心1个，国家级技术研究与发展中心1个，农业部质量监督检验测试中心1个，国家重点实验室1个
国家级改良中心（1个）：国家水稻改良中心 国家级技术研究与发展中心（1个）：稻作技术研究与发展中心 农业部质量监督检验测试中心（1个）：农业部稻米及制品质量监督检验测试中心 国家重点实验室（1个）：水稻生物学国家重点实验室
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