中国水稻研究所科研成果至2021年6月，研究所共取得省部级以上获奖成果141项次，国家级获奖成果25项，涵盖了国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖三大奖项

2018年3月发布的基本科学指标数据库（ESI）数据显示，研究所在“植物学与动物学”领域跻身ESI全球前1%行列

1997年、1998年、2000年、2003年、2010年和2016年分别有成果入选中国十大科技进展和中国十大科技新闻

成果年应用面积在1.5亿亩以上，取得了巨大的社会经济效益

“十五”期间研究所获得全国农业科研机构综合科研能力评估第一名

 国家级成果一览表成果名称获奖类别及等级获奖年份超高产专用早籼稻品种中嘉早17等的选育及应用国家科技进步奖二等2020超级稻高产栽培关键技术及区域化集成应用国家科技进步奖二等2014优质早籼高效育种技术研创及新品种选育应用国家科技进步奖二等2012后期功能型超级杂交稻育种技术及应用国家技术发明奖二等2011水稻重要种质创新及其应用国家科技进步奖二等2010印水型水稻不育胞质的发掘及应用国家科技进步奖一等2005超级稻协优9308的选育、超高产生理基础研究及生产集成技术示范推广国家科技进步奖二等2004稻瘟菌的遗传多样性及其菌丝融合后代的致病性变异国家科技进步奖二等1999育成优质高产多抗早籼新品种中优早3号国家科技发明奖四等1997稻飞虱鸣声信息行为及其机制国家自然科学奖四等1995育成高产、优质、多抗杂交水稻新组合汕优10号国家科技进步奖一等1993 

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