中国地震局地球物理研究所科研部门根据2017年4月该所官网显示，中国地震局地球物理研究所建有1个中国地震局重点实验室，设有9个研究室、1个研究中心、2个研究推进组和1个科技部国家重点野外科学观测试验站（试点）
中国地震局重点实验室：地震观测与地球物理成像实验室 研究室：数字地震学与震源物理研究室、工程地震学与城市减灾(地震社会学)研究室、实验地球物理研究室、实时地震学与地震监测预报技术研究室、地磁学与震磁电关系研究室、地球物理观测技术研究室、全球地震活动与核查技术研究室、地球内部物理学与深部孕震环境研究室、地震数据分析与地球物理计算技术研究室 研究中心：防震减灾技术研究中心 研究推进组：地震预测研究推进组、地震应急技术推进组 科技部国家重点野外科学观测试验站（试点）：北京国家地球观象台
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