自然资源部第一海洋研究所科研部门根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第一海洋研究所牵头组建了青岛海洋科学与技术国家实验室的2个功能实验室，建有5个部级重点实验室、9个国际科技合作机构

 国家重点实验室（2个）：区域海洋动力学和数值模拟功能实验室、海洋地质过程与环境功能实验室自然资源部重点实验室（5个）：海洋环境科学与数值模拟实验室、海洋沉积与环境地质实验室、海洋生态环境科学与工程实验室、海洋生物活性物质实验室、数据分析与应用实验室国际研究机构（9个）：中韩海洋科学共同研究中心、中国-印尼海洋与气候联合研究中心、中-泰气候与海洋生态联合实验室、中澳海洋工程联合研究中心、中俄海洋与气候联合研究中心、中-马海洋科技联合中心、CLIVAR国际项目办公室、UNESCO/IOC海洋动力学和气候培训与研究区域中心、中国PEMSEA中心共建研究机构（8个）：国家基金委-青岛海洋科学资料共享服务中心（国家自然科学基金委共建）、中国大洋样品馆（中国大洋矿产资源研究开发协会共建）、山东省海洋生化工程技术研究中心（山东省海洋生物研究院共建）、海洋遥测工程技术研究中心（中国航天科技集团公司共建）、盘锦滨海湿地研究院（盘锦市人民政府、辽宁省海洋与渔业厅共建）、海洋工程学院（山东科技大学共建）、青岛市海洋天然产物中试基地（青岛市共建）、青岛市现代分析技术与中药标准化重点实验室（青岛市共建）所属研究机构（8个）：海洋环境与数值模拟研究室、海洋地质与地球物理研究室、海洋物理与遥感研究室、海洋与气候研究中心、海洋生态研究中心、海岛海岸带研究中心、海洋工程环境与测绘研究中心、海洋政策研究中心 

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