中国水产科学研究院黄海水产研究所科研部门据2017年1月研究所官网显示，研究所内设10个研究室、3个实验基地，拥有1个国家实验室、1个国家质量监督检验中心、1个农业部质量监督检测试中心、1个农业部生态环境监测中心、2个农业部重点实验室、2个山东省重点实验室、1个山东省工程研究中心、2个青岛市工程研究中心，另外建有中韩渔业联合研究中心、世界动物卫生组织参考实验室、青岛市技术转移服务机构、国家外专局对虾良种繁育引智基地、国家海洋技术转移中心专业领域分中心

 国家实验室：青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 国家质量监督检验中心：国家水产品质量监督检验中心 农业部质量监督检测试中心：农业部水产种质与渔业环境质量监督检测试中心（青岛） 农业部生态环境监测中心：农业部黄渤海区渔业生态环境监测中心 农业部重点实验室：农业部海洋渔业可持续发展重点实验室、农业部水产品质量安全检测与评价重点实验室 山东省重点实验室：山东省渔业资源与生态环境重点实验室、山东省海洋渔业生物技术和遗传育种重点实验室 山东省工程研究中心：山东省海洋生物资源利用和质量安全控制工程研究中心 青岛市工程研究中心：青岛市水生生物疫病临床防控工程研究中心、青岛市海水养殖工程研究中心 研究所研究室：渔业资源与生态系统研究室、海水养殖生态与技术研究室、养殖生物疾病控制与分子病理学研究室、种质资源与工程育种研究室、海洋产物资源与酶工程研究室、渔业环境与生物修复研究室、水产品质量与安全研究室、鱼类养殖与设施渔业研究室、食品工程与营养研究室、水产生物技术与基因组研究室 研究所实验基地：海洋渔业科学研究中心、海水养殖引种育种中心、海水鲆鲽鱼类遗传育种中心 

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