上海自然科学研究所沿革日本政府在第四十六届议会上提出了对中国文化事业的特别会计法律案，准备拿出一部分赔偿金，作为文化事业的投入

事业的核心是在上海建立自然科学研究所以及在北京设立人文科学研究所和图书馆

日本政府在第四十九届临时议会（1923年）上宣布为了这个新建筑物的建造，决定从1923～1929年间拨出经费总额为535万元，作为协助施行的费用

同年9月外务省派遣朝风冈事务官到上海，和当时的驻上海总领事矢田七太郎一同着手准备研究所的场地购买工作

另一方面，支那文化事业调查会委员大河内博士依专家的观点，对场地进行了实地考察

同年12月买下了位于法租界徐家汇路和祁齐路的交叉点的大约55亩（11000坪）的土地，又于民国14年（1925年）春天，补买了邻接的土地400坪

在民国16年2月买下了邻接的毛拉氏拥有的土地约45亩（约9000坪），获得了足够多的场地

研究所正馆的建筑设计以伊东忠太和内田祥三两位博士为主，在入泽、山崎和大河内等3位博士的参与指正下较快地完成了大体上的设计

由新林记建筑事务所建造

上海自然科学研究所创设初期，成立中日两国委员联合大会

日本方面的委员：子爵大河内正敏、山崎直方、岸上鎌吉、新城新藏、入泽达吉、林春雄、庆松胜在衡门、矢田七太郎、濑川浅之进

中国方面的委员：秦汾、郑贞文、胡敦复、伍连往、余严、章鸿剑、文元模、朱家骅、谢应瑞、严智钟

民国14年12月，东方文化事业上海委员会在上海召开第一次全会，中国委员严智钟被全场一致推举为临时委员长

接着，通过了上海委员会章程

决定由上海自然科学研究所组织大纲，这对于研究所的设立，踏出了具体的更大的步伐

之后，自然科学研究所进入了预备研究阶段，决定了研究事项及其主要负责人，中药的研究 庆松委员（日）一余严（中）重力及地磁气的测定 新城委员（日）一文元模（中）杨子江鱼类生物学的测定 岸上委员（日）一严智钟（中）杨子江以南地区的地质学的研究 山崎委员（日）一章鸿剑（中）天然无机化合物的规律的研究 片山委员（日）一郑贞文（中）中国的发酵菌类及发酵制品的研究 片山委员（日）一郑贞文（中）关于中国流行病、地方病的调查研究 林委员（日）一谢应瑞（中）在上海自然科学研究所诞生过程中，日本加快了对华侵略战争，鉴于时局的恶化，已经公开宣布的研究所的开张仪式停止举行

医学博士横手千代之助于民国20年4月1日就任第一任的所长，为了尊重上海委员会第一届总会的决议——推举中国人担任所长，在日本人的所长前面加上“署理”2个字

这个署理所长的名称，从横手所长时代开始使用，一直延续到第二任所长、理学博士新成新藏所长任期内，以后由上海委员会决定改称所长

在横手所长就任的同时，原先从事各项预备研究工作的人员以及新近被录取的人员全部于4月1日被任命为研究所的职员，其中研究员14人，主事1人，副主事1人，助手10人，书记3人，雇员6人，并进行了所员的强化和补充工作

到了6月末，职员全部开始工作，馆内的各研究室、工场、图书室、讲堂、贵宾室、应接室、事物室的机械器具、图书以及其他各种设备，也已安排妥当

民国22年，研究所全部开展了研究工作

同年秋天，伪满蒙学术调查团动员研究所参加，所地质学科研究员参加了这个团体，并担负了对热河地区的调查工作

所的物理学科研究员参加了民国23年在罗索兹岛上因发生日食而组织的日食观测团

建所的时候，曾计划派遣所员赴欧美学习深造，因时局的关系拖后了

到民国23年逐渐开始派遣活动，每年1名，留学时间是1年

民国23年10月2～6日，在南京召开第九次远东热带病学会会议，横手所长带领6名所员出席了会议，并分别进行了学术演讲

民国24年8月11～15日，在广西省南宁召开中国科学社第二十次会议、中国工程师学会第五次会议、中国化学学会第三次会议、中国地理学会第二次会议、中国动物学会第二次会议、中国植物学会第三次会议的联合大会，所物理、生物、卫生医药等各学科研究员5人在大会上进行了学术报告

同年11月，在广东召开的中华医学学会第三届大会上，所卫生学研究室2名研究员出席并做了演讲

民国25年2月26日，前京都大学校长、京都大学名誉教授、东方文化事业上海委员会委员新藏理学博士就任第二任上海自然科学研究所所长之职

同年6月17日发生日食时，7名物理学科科员在所长的指挥之下，在呼玛、齐齐哈尔以及沈阳3个地方观测地磁气和地电流的变化情况；化学学科研究员从7月份开始，花了大约6个月的时间到四川进行旅行调查；地质学科研究员用了大约3个月的时间，从事中国北方调查旅行

这一时期，自然科学研究所主要开展了如下工作

（1）占领地区内的图书、文件的接收、保管工作，主要由事务所所员为主；（2）占领区内的学术标本的接收、保管，由地质、生物等学科科员来担任；（3）占领地区的医事关系，由病理、卫生、细菌等各个学科科员在所有的方面协助；（4）所先后派了7名委员，参加上海临时防疫委员会最初活动，即进行预防注射；（5）与地面防疫相呼应，对海上船舶的检疫，以细菌学方面的人员为主；（6）棉花的改良试培，由肥田研究员负责在浦东农场开展试培工作；（7）对中国中部的河流的水位、气象的调查，由物理学科科员参加；（8）兽医部的细菌检查，细菌学科的科员协助工作；（9）接受化学试验的操作任务，由化学、生物医药学科的科员担任；（10）参与中国文化教育调查及整理；（11）电离层的测定，受海军技术研究所的委托，由物理学科科员来担当；（12）衣、粮、药剂方面，由与药剂有关的生物医药学科科员来担当

民国28年以后，研究所为配合日本政府及军方的侵略工作，进行了9次调查工作，即关于矿物资源的调查；关于供给水的调查；关于医疗防疫的调查；关于动物兽疫的调查；关于气象的调查；关于陆、水地磁气的调查；关于植物、森林的调查；关于外国权益的调查；关于各种文化事业的调查

以后研究所的宗旨也从原来的学理探求而又增加了应用方面的研究，废除研究所中的医学部、理学部的称号，扩大研究员行列中工学、农学出身的人员比例，主张在人员方面、研究课题实行重点倾斜的方针

从国家最需要解决的有关地方病的各个问题和有关矿产资源的各个问题考虑，准备从各个方面研究其发展计划，设置了地方病调查委员会和矿产资源调查委员会

前者包括病理、卫生、细菌、药物、生物、物理、化学等各个学科的研究员，后者包括地质、物理、化学、药物、生物等各个学科的研究员

地方病调查委员会又分为疟疾研究委员会、黑热病研究委员会、寄生虫调查研究委员会、长江风湿病研究委员会、滤过性病原体性疾病调查研究委员会等

矿产资源调查委员会又进一步分为煤炭调查研究委员会、萤石调查研究委员会等

除了这两个调查委员会之外，农产品调查委员会、水产品调查委员会、治理河流委员会、中药调查委员会、电波研究委员会也各按计划展开了工作

民国34年日本战败，9月中央研究院部分研究所迁沪，并接办自然科学研究所

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