中国水产科学研究院建院初期1978年6月初，经国务院批准建立中国水产科学研究设计院

随后，在原农林部设计院二室的基础上开始筹建中国水产科学研究设计院

1980 经国家农委批准，中国水产科学研究设计院更名为中国水产科学研究院

 到1980年年底左右，水科院已初具规模，拥有渔船、渔港、渔业经济、标准化、科技情报等5个研究、设计所室，职工总数150多人

国家水产总局依据规划，通过与地方协商，将原已下放的黄海、东海、南海、长江、渔机等 5 个直属所陆续上划，归总局直接领导，并相继筹建了黑龙江、珠江水产研究所、渔业工程研究所、淡水渔业研究中心，以及渤海、太湖两个水产增殖科学实验基地

1982年8月，新组建的农牧渔业部决定将原国家水产总局直属的各海区、流域、专业研究机构划为水科院直属单位

10月起，东海水产研究所隶属农业部所属的中国水产科学研究院领导，改名为中国水产科学研究院东海水产研究所

 1999 年，党中央、国务院发布《关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》后，面对着新世纪的机遇和挑战，根据分类改革的原则，进一步明确了全院各单位和各个学科的发展定位和方向，优化了资源配置

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