中国水产科学研究院创新单元据2016年11月中国水产科学研究院官网显示，全院共有国家实验室1个（共建）、国家地方联合工程实验室1个、国际参考实验室2个、国际联合实验室7个、部（农业部）重点实验室11个、部科学观测实验站9个、省重点实验室4个、省工程技术研究中心（工程实验室）5个、院重点实验室14个、院工程技术研究中心14个、国家质检中心2个、部质检中心8个、部风险评估实验室7个、国家农产品加工技术研发（分）中心5个、增殖实验站4个

拥有国际水产培训中心2个，科研实验及中试基地33个，拥有“北斗号”和“南锋号”2艘千吨级海洋科学调查船

 国家实验室：深蓝渔业工程装备技术联合实验室（与青岛海洋科学与技术国家实验室共建） 国家地方联合工程实验室：淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室 国际参考实验室：白斑病参考实验室、传染性皮下与造血组织坏死症参考实验室 国际联合实验室：中匈鱼类免疫药理学国际联合实验室、中美淡水贝类种质资源保护及利用国际联合实验室等 等国际水产培训中心：亚太地区综合养鱼研究和培训中心 等农业部重点实验室：农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室 、农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室 、农业部海洋与河口渔业重点实验室 、农业部南海渔业资源开发利用重点实验室、农业部水产品加工重点实验室 、农业部东海与远洋渔业资源开放利用重点实验室 等农业部研究中心：农业部水生经济动物病害防治研究中心 、农业部南海区海水养殖病害防治研究中心、农业部斑节对虾遗传育种研究中心、农业部华南水产品加工与质量安全研究中心 等农业部科学观测实验站：农业部长江下游渔业资源监测站、农业部长江下游渔业生态环境监测中心、农业部长江下游渔业资源环境科学观测实验站、农业部水产动物营养与饲料科学观测试验站 、农业部珠江中下游渔业资源环境重点野外科学观测试验站、 农业部东海区渔业生态环境监测中心 、农业部南海区渔业生态环境监测中心、农业部南海渔业资源与环境野外科学观测试验站 等农业部育种中心：农业部长江流域鱼类遗传育种中心、农业部罗非鱼遗传育种中心 等省重点实验室：中国水产科学研究院热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室、广东省水产动物免疫技术重点实验室 、广东省渔业生态环境重点开放实验室 等农业部质检中心：农业部水产品质量检验中心（上海） 、农业部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心（广州）等农业部风险评估实验室：农业部水产品质量安全环境因子风险评估实验室（无锡） 等国家农产品加工技术研发（分）中心：国家水产品加工技术研发中心等科研实验及中试基地：南泉实验基地、屺亭实验基地、大浦实验基地、扬中实验基地 、深圳实验基地、花都试验基地 等增殖实验站：北戴河中心实验站、营口增殖实验站、长岛增殖实验站、下营增殖实验站 等院重点实验室：中国水产科学研究院长江中下游渔业生态环境评价与资源养护重点实验室 、中国水产科学研究院长江口渔业生态重点实验室 、中国水产科学研究院渔业环境和养殖生态重点实验室 、中国水产科学研究院渔业遥感信息技术重点实验室 、中国水产科学研究院水产种质资源与养殖技术重点实验室等院工程技术研究中心：中国水产科学研究院长江特色鱼类工程技术研究中心 、中国水产科学研究院生物技术研究中心 、中国水产科学研究院池塘生态工程研究中心、中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心 、中国水产科学研究院盐碱地渔业工程技术研究中心等

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