中国科学院深圳先进技术研究院合作交流据2017年3月研究院官网显示，研究院在论文方面合作的单位已达百家，包括高校、研究机构、公司等
其中与香港中文大学、中国科学院系统、香港理工大学、香港大学、哈尔滨工业大学深圳研究生院、中山大学、暨南大学、香港科技大学、清华大学、浙江大学等大学合作紧密
在合作论文中，除中国（含港、澳、台）外，涉及28个国家和地区，包括美国、英国、加拿大、澳大利亚、新加坡、法国、日本、德国、以色列、韩国、意大利、爱尔兰、瑞士、荷兰、西班牙、丹麦、挪威、塞浦路斯、墨西哥、新西兰、瑞典、科威特等
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