中国测绘科学研究院科研部门截至2012年12月，中国测绘科学研究院设有5个公益研究机构、5个高新技术企业、3个科技中介机构和3个地方分支机构，建成了由公益性研究机构、高新技术企业、中介机构和地方协同创新机构组成的测绘地理信息科技创新体系
依托该院建设运行的创新平台包括2个省部级重点实验室、1个国家工程技术研究中心、1个国家级国际联合研究中心、1个国家级野外观测台站等
国家测绘地理信息局重点实验室（2个）：地理空间信息工程国家测绘地理信息局重点实验室、摄影测量与遥感研究所（对地观测技术国家测绘地理信息局重点实验室） 国家工程技术研究中心（1个）：国家测绘工程技术研究中心 国家级国际联合研究中心（1个）：测绘地理信息国际联合研究中心 国家级野外观测台站（1个）：大地测量与地球动力学研究所（房山人卫观测站）
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