中国国际问题研究院研究部门据2018年4月研究院官网显示，研究院设有7个研究所、4个挂靠机构
研究所：美国研究所、亚太研究所、欧盟研究所、发展中国家研究所、欧亚研究所、国际战略研究所、世界经济与发展研究所挂靠机构：中国太平洋经济合作全国委员会、亚太安全合作理事会中国委员会、中国国际问题研究和学术交流基金会及中国军控与裁军协会
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