中国环境科学研究院科研部门根据2016年1月研究院官网显示，中国环境科学研究院有5个研究所和10个中心，有1个国家重点实验室 ，7个国家环境保护重点实验室
国家重点实验室：环境基准与风险评估国家重点实验室 国家环境保护重点实验室：名称依托单位批准时间国家环境保护化学品生态效应与风险评估重点实验室中国环境科学研究院2003年9月19日国家环境保护湖泊污染控制重点实验室中国环境科学研究院2008年9月27日国家环境保护生态工业重点实验室东北大学、中国环境科学研究院、清华大学2010年11月23日国家环境保护河口与海岸带环境重点实验室中国环境科学研究院2012年3月29日国家环境保护区域生态过程与功能评估重点实验室中国环境科学研究院2012年04月28日饮用水水源地保护重点实验室中国环境科学研究院2011年4月12日国家环境保护机动车污染控制与模拟重点实验室中国环境科学研究院2013年12月6日资料来源：
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