中华农业文明研究院研究机构中华农业文明研究院下设6个研究室和4个研究中心，即农业科技史研究室、农业经济史研究室、农村社会史研究室、农业文化研究室、农史文献研究室、生物学史研究室、科技经济与社会发展研究中心、生态环境史研究中心、中外农业文化交流研究中心和中华农业文明多媒体研发中心
* 农业科技史研究室农业科技史研究室主要探讨中国传统农业科技发生、发展规律及成就，总结农业科技的优良传统，发掘其中适应现代化农业发展的合理成份，为国家农业科技发展规划和决策提供历史借鉴
* 农业经济史研究室农业经济史研究室主要探讨历史时期农业领域中生产关系与生产力的辩证关系，包括农业政策、农业思想、土地制度、赋税制度、生产力水平等方面的内容，为国家农业经济发展规划提供背景资料和参考意见
* 农村社会史研究室农村社会史研究室主要探讨历史时期农村社会结构、农民社会心理和社会行为，以期揭示农村经济、社会和文化之间的互动关系，推动中国农业现代化的发展进程
* 农史文献研究室农业历史文献研究室主要承担各种农业典籍、农史资料的校释整理工作，并对农史文献的版本、源流、价值等问题进行探讨，为农史研究提供准确、翔实的资料
* 农业文化史研究室农业文化史研究室主要探讨与农业生产活动直接相关的各种文化现象，包括物质文化、制度文化、技术文化和观念文化四个层面，并探讨农业发展对中国文化发展的影响、农业与区域文化之间的关系
* 生物学史研究室生物学史研究室以中国生物学的发生、发展为主要研究对象，探讨中国生物学学科的发展衍变过程、生物学在科学领域中的地位与作用、生物学发展与社会经济发展的互动关系
* 科技、经济与社会发展研究中心科技、经济与社会发展研究中心主要探讨科技、经济与社会诸因素之间互动关系，包括科学技术进步的社会背景、科学技术对经济和社会发展的影响
此外，还对科学技术的本质及其相互关系、科技奖励制度及科学活动规律等问题展开研究
* 生态环境史研究中心生态环境史研究室主要探讨历史时期人类活动与生态环境变迁之间的互动关系，侧重研究农业开发对生态环境变迁的影响、生态环境变迁与人类文明发展进程的关系，以便为国家农业发展战略提供启示和借鉴
* 中外农业文化交流研究中心中外农业交流研究中心主要探讨中外农业科技的交流与合作、中外农业文化的传播和发展，在研究内容上，主要侧重近现代中国与美国、日本、英国、德国等国家和地区的交流与合作
* 中华农业文明多媒体研发中心中华农业文明多媒体研发中心主要依托该院农史信息资源，利用计算机数字图像处理技术，对农业历史典籍进行数字化存贮，建立中国农业历史文献信息数据库系统信息系统，为农史研究提供了快捷、方便的通道
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