核工业西南物理研究院科研部门根据2020年10月学信网及研究院官网显示，核工业西南物理研究院下设三个二级单位，共有18个研究室和1个重点开放实验室，并设有等离子体应用中心、低温超导中心和计算中心
下属二级单位：聚变科学所、成都企业部、乐山基地
院级实验室：成都企业部先进等离子体技术实验室 联合实验室：核聚变等离子体物理联合实验室（大连理工大学共建）
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