中国科学院上海营养与健康研究所科研部门根据2020年4月研究所官网显示，中国科学院上海营养与健康研究所下设4个研究机构
中科院重点实验室（3个）：中国科学院肿瘤微环境重点实验室、中国科学院营养代谢与食品安全重点实验室、中国科学院计算生物学重点实验室（生物医学大数据与健康管理）所属研究机构（1个）：上海生命科学信息中心（生命健康科技智库）
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