中国社会科学院中国边疆研究所下设科室边疆所编制60人，现有人员32，其中专业技术人员28人，管理人员4人
专业技术人员中，正高级职称人员10人，副高级职称人员9人，具有博士学位26人，40岁以下青年科研人员10人
下设马克思主义国家与边疆理论研究室、新疆研究室、西南边疆研究室、海疆研究室、东北与北部边疆研究室、部、办公室（下设科研处）7个部门
继1996、1999年成立“中国边疆历史与社会研究云南工作站”、“中国边疆历史与社会东北工作站”之后，又先后成立了“中国边疆历史与社会研究新疆工作站”、“中国边疆历史与社会研究广西工作站”
在我院直接领导下，成立了“中国历史文化信息中心”、“新疆发展研究中心”、“东北边疆国情调研基地”，均由边疆中心进行日常管理
这些新的科研组织形式，为加速学科建设和发展、为促进利用社会力量开展学术研究、为扩大中国边疆研究所在该学科的优势地位发挥了积极作用
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