中国地质科学院水文地质环境地质研究所机构设置水环所设有12个专业研究室、4个科研保障中心
国土资源部地下水矿泉水及环境监测中心、国土资源部地下水科学与工程重点实验室（气候变化与地下水研究中心）、国土资源部地下水科学与工程野外试验研究基地设在所内
国际水文地质学家协会中国委员会、中国地质学会水文地质专业委员会、农业地质专业委员会均设在所内
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