中国地质科学院岩溶地质研究所科研部门岩溶所拥有岩溶动力系统与全球变化国际联合研究中心、自然资源部/广西岩溶动力学重点实验室、自然资源部岩溶生态系统与石漠化治理重点实验室、中国地质调查局岩溶塌陷防治重点实验室、中国地质调查局全球气候变化地质研究中心、广西重大科技创新基地和广西岩溶地质工程技术研究中心，以及11个野外科学观测研究基地（其中4个为部级）
中国地质学会岩溶地质专业委员会和洞穴专业委员会挂靠岩溶所
联合国教科文组织国际岩溶研究中心和国际标准化组织（ISO）岩溶技术委员会（编号：ISO/TC319）落户岩溶所
下设研究室：岩溶动力学研究室、岩溶区域地质研究室、岩溶资源研究室、岩溶生态与石漠化研究室、岩溶工程与灾害研究室、岩溶景观与洞穴研究室、岩溶探测技术方法研究室
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