四川抗菌素工业研究所科研部门根据2020年9月研究所官网显示，四川抗菌素工业研究所有国家级科研部门1个，省部级科研部门3个及下属科研部门15个
国家级科研中心：微生物菌种保藏中心省部级重点实验室：抗生素研究与再评价四川省重点实验室、药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室省部级科研合作基地：科技部国家科技合作基地 所属科研部门：头孢药物及靶向制剂实验室、新药创制及质量评价实验室、抗感染药物实验室、微生物药物实验室、生物催化实验室、药物合成与质量控制实验室、分子靶向新药研究室、中药资源与新产品开发实验室、肽类药物实验室、生物技术与酶工程制药实验室、纳米药物及新型给药系统实验室、手性药物及仿生合成实验室、抗生素药效评价中心、微生物资源保藏管理中心、分析测试中心
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