中国极地研究中心科研部门根据2018年1月官网显示，中心有省部级重点实验室2个，国家级观测研究站2个，科研业务部门6个，筹备科研业务部门1个，下属实验部门8个
省部级重点实验室（1个）：国家海洋局极地科学重点实验室 、国家海洋局数字海洋科学技术重点实验室 国家级观测研究站（2个）：南极长城站国家野外科学观测研究站、南极中山站国家野外科学观测研究站 科研业务部门（6个）：极地战略研究室、极地冰川学研究室、极地海洋学研究室、极地大气与空间物理学研究室、极地生物与生态学研究室、极地信息中心 筹备科研业务部门（1个）：南极天文学研究室 下属实验部门（8个）：极地雪冰与全球变化实验室、电离层物理实验室、极光和磁层物理实验室、极地生物分析实验室、微生物与分子生物学分析实验室、生化分析实验室、极地微生物菌种保藏库、船载实验室
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