中国足球协会内设部门2010年4月中国足协调整部门设置，由原六部一队调整为七部，即综合部、外事部、技术部、职业足球发展和监管部、竞赛管理部、国家队管理部（原国家队）、青少年和社会足球发展部
另外还有福特宝公司、中超公司等下属单位
2016年2月与国家体育总局脱钩之后，足协将拥有更多的自主权利，内部机构也将进一步充实
为了此次脱钩，足协已进行了三次人才引进，还将设立12个专业委员会，除已有的教练委员会、裁判委员会、仲裁委员会和纪律委员会外，新增新闻委员会、技术委员会、竞赛委员会、青少年委员会、女足委员会、五人制与沙滩足球委员会、运动员委员会、道德与公平竞赛委员会
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