两岸关系和平发展协同创新中心组织框架中心在组织架构、人员聘任、人才培养、科研管理、资源配置等方面全面实行创新机制
采用责权利关联的研究人员聘任制、行政人员合同制、具有国际竞争力的年薪制和奖学金制
中心最高权力机构为理事会，决定中心发展的原则与方向
理事会下设学术委员会和中心行政部，学术委员会负责中心重大学术研究计划的制定，行政部负责中心日常工作的开展和运行
行政部设中心主任、执行主任和两位副主任，中心主任负责平台首席专家的招聘
中心在已有隶属单位的人员聘用上实施“流动不调动”的用人机制
在科学研究方面，以需求为导向，优化配置人财物资源，并建立四家单位一体化学术资源共享平台
共建单位人员以中心名义发表的研究成果，派出单位视同本单位第一署名成果
在人才培养方面，共享四个单位优质教学资源，联合招生，跨校多导师联合培养，学分互认
在学科建设方面，创建“台湾学”交叉学科，招收博士后研究人员
通过“三位一体”的制度设计，打造台湾问题科学研究、人才培养和学科建设的国际品牌
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