国际理论物理中心中心的组织机构中心下设数学、凝聚态物理、高能物理、天气和气候物理等四个常设研究组，另有微处理器实验室、高层大气与无线电传播研究组、地球结构和非线性动力学等几个非常设研究组，和计算机、图书馆等辅助机构
中心另雇佣了若干行政人员和秘书组织其他学科及跨学科学术会议
ICTP各研究组以及中心另邀请若干名科学家组织到该中心客座研究
经费来源：ICTP每年运行经费约800万美元
其中百分之九十来自意大利政府、国际原子能机构和联合国教科文组织，还有少量的专项资助来自联合国开发计划署(UNDP)等国际组织的项目经费
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