国家烟草改良中心中心目标提高我国烟草种质的收集、保存和利用能力；不断进行烟草种质、育种方法创新；为全国烟草育种单位提供各种类型的育种材料和特异种质，提供当前国际上最先进的常规育种、生物技术育种的技术；研究烟草遗传变异规律，使我国烟草育种理论居世界先进之列；同时选育一批适合全国烟草主要产区推广的各具特色的新品种（系）
使国家烟草改良中心成为国际一流的烟草科技创新中心、科技产业孵化中心、国际一流的交流培训中心和种质保存基地
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